按照“省部共建、以省为主”的原则，省部共建国家重点实验室建设与管理的责任主体一般是省级政府（直辖市、自治区），主管部门一般为省科技厅（直辖市科技厅、自治区科技厅），依托单位一般为高校和科研单位。此外，国家科技部协助实验室的建设与运行，并提供支持。
与国家重点实验室经费主要来自国家拨款不同，省部共建国家重点实验室的运行经费主要来自各省（直辖市、自治区）和依托单位自筹经费。不过，从每年的经费总量来看，省部共建国家重点实验室相比国家重点实验室也不遑多让。
以最近批准的两个省部共建国家重点实验室为例，在建设运行期，一般都有上千万建设和运行经费。依托湖北大学建设的省部共建生物催化与酶工程国家重点实验室建设运行，建设运行期5年。这5年内，湖北省每年为实验室提供800万元的专项经费支持，湖北大学每年提供3000万元基地建设和运行经费。依托安徽理工大学建设的省部共建深部煤矿采动响应与灾害防控国家重点实验室建设运行期为5年，这5年内，安徽省每年提供500万元专项经费支持，安徽理工大学每年提供2500万元基地建设和运行经费。
目前批准建设的37个省部共建国家重点实验室分布在6个学科领域，其中生物科学领域13个，工程科学领域9个，医学科学领域3个，材料科学领域5个，地学和化学各有2个。
截止到2018年12月25日，科技部批准的37个省部共建国家重点实验室分布在全国23个省、自治区和直辖市。
广东省和福建省共有3个，浙江、云南、天津、陕西、山东、江西、湖北、安徽、新疆等省份各有2个，西藏、广西、甘肃等省份各有1个。总体上来看，省部共建国家所在省份以中西部省份为主。
目前科技部已批准建设的37个省部共建国家重点实验室依托单位共有39家。其中省部共建肿瘤化学基因组学国家重点实验室依托北京大学深圳研究生院和清华大学深圳研究生院，省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室依托云南大学、云南农业大学。除上述两个省部共建实验室外，其余均只有1个依托单位。
37个省部共建国家重点实验室的依托单位除部分中央部属高校外，主要依托在特色学科领域具有较强实力的省属强校，如福州大学、武汉科技大学、兰州理工大学、河南农业大学、福建农林大学、浙江农林大学、温州医科大学等。
根据科技部的规划，到2020年，省部共建国家重点实验室的总数要达到70个左右，目前还有30多个名额。可以预见的是，未来几年，还将有更多省属重点高校获批建设省部共建国家重点实验室。
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