我国水质监测目前以理化监测为主，水质评价也基于理化监测结果，但是单纯的理化指标很难准确反映复杂的水环境质量变化趋势。在《长江保护修复攻坚战行动计划》中，生态环境部要求在长江地区开展水生态环境监测。
目前，我国水生态环境监测并不完善，具体检测哪些指标，如何检测，如何根据检测结果进行水质评价等都没有明确的技术规范。由生态环境部主管，中国环境监测总站主办的《中国环境监测》杂志针对这一需求，于2018年底发布了“水生生物监测和生物完整性评价”专刊，共收录文章18篇。
从技术和政策多角度的频频动作，可以看出生态环境部对水生态环境监测的重视，此次在长江开展的水生态环境监测调研评估很可能是我国水环境监测的风向标，未来很有可能向全国水流域推广。
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